Pada 29 Julai 2019, Persekutuan Bola Sepak ASEAN (AFF) menerima protes rasmi daripada dua pasukan yang mengambil bahagian berhubung kelayakan pemain Timor-Leste dalam kejohanan yang sedang berlangsung.[3][4] Protes itu kemudiannya diterima apabila pematuhan terhadap keperluan prosedur yang ditetapkan dalam Peraturan Kejohanan 2019 dengan AFF mula menjalankan penyiasatan yang diperlukan dan meminta pihak-pihak yang terlibat untuk bekerjasama bagi menubuhkan fakta-fakta.[4][5] Pada 3 Ogos, AFF selanjutnya menyatakan bahawa dokumen-dokumen berkaitan yang diminta dari pemain dan pasukannya telah disampaikan dan diakui oleh sekretariat AFF. Selaras dengan peraturan-peraturan kejohanan, kesimpulan siasatan akan diputuskan oleh Jawatankuasa Disiplin dan Etika AFF.[6] Pada 4 Ogos, AFF mengumumkan penemuan mereka bahawa pemain tersebut disifatkan layak menyertai kejohanan itu mengikut Perkara 5.1 seperti yang dinyatakan dalam peraturan-peraturan kejohanan dan memerintah bantahan yang dibuat oleh dua negara sebagai tidak berasas dan menolaknya dengan sewajarnya.[7][8]

Pada 9 Ogos, perlawanan akhir antara Thailand dan Malaysia dicemari dengan kejadian huru-hara yang menyebabkan pemain Thailand, Kongpop Sroirak dan pemain Malaysia Khairil Zain dilayangkan kad merah.[1][9]